經濟管理學院源于1980年4月成立的農業經濟管理系。隨著社會不斷發展，辦學規模的不斷擴大，2001年，農業經濟管理系更名為經濟與管理學院，2004年6月安徽農業大學進行學科調整，將原經濟與管理學院劃分為管理科學學院和經濟與貿易學院兩個學院。2010年3月，在安徽農業大學新一輪學科調整中，經濟與貿易學院和管理科學學院重新合并為經濟管理學院。經濟管理學科開始了由規模擴張向內涵發展的戰略轉變。

學院現有10個管理學類本科專業、4個經濟學類本科專業、1個二級學科博士點、四個一級學科碩士學位授權點和4個專業學位碩士點。本科學生近三千名，碩士研究生400余人。

學院的辦學定位是培養服務地方經濟社會發展的經濟管理類高級專門人才，建設融經濟學科和管理學科為一體的，國內知名、省內領先的以教學為主的教學研究型學院。