武漢大學卓越工程師學院為學校新體制二級單位，學院在學校黨委和行政領導下，以培養工程類專業學位碩博士研究生為主，開展相關工作。學院設綜合辦公室（理事會秘書處）、項目合作辦公室、學生工作辦公室等內設機構。學院具體職責包括：

1、研究制定卓越工程師學院發展規劃，建設校企理事會管理、企業項目牽引、產教深度融合運行機制，制定完善相關政策制度。

2、負責實施工程碩博士培養模式改革。落實卓越工程師學院研究生思政教育及日常教育教學管理、校企雙導師隊伍建設等工作，建立健全招生、培養、學位授予與質量保障等全過程教育管理服務體系。

3、推進校企聯合培養工作。推進校企共同實施訂單式、項目制人才培養，開展校企共建的產教融合特色項目建設；常態化、制度化、規模化組織產教對接活動，協同建設類企業級別的仿真環境及工程技術實踐平臺；協調校企共同落實聯合培養教學、科研、生活所需的空間設施等配套條件。

4、開展工程教育交流合作。聯合國內外相關高校、企業和機構，建立國內外工程前沿科技交流機制，定期組織夏令營、論壇等活動，邀請工程科技領軍人才和企業一流工程師開展教學指導，促進交流合作。