中心實施以第一責任導師為主的導師組聯合指導培養方式，并建立多學科交叉培養機制。

1.對于學術學位研究生(交通運輸規劃與管理、工商管理)，導師組由一名主干學科方向的導師作為第一責任導師，一名交叉學科方向的導師，和一名主干學科青年教師的導師構成，對研究生進行跨學科聯合指導。以強化跨學科主干理論課程教學，提高科研創新能力為導向，實施以科學研究為核心的學術型研究生考核、監督和評價體系。中心側重系統科研訓練，以前沿性、高水平的科學研究支撐學術型研究生培養；中心依托國家自然科學基金以上級別的高水平基礎科研項目指導研究生選題及研究，加強學術創新能力培養；中心優先碩博一體化培養，鼓勵學生申請碩博連讀。

2.對于專業學位研究生(交通運輸)，導師組由一名交通運輸工程學科方向的導師作為第一責任導師，一名工商管理學科方向的導師，和一名中心協同單位的企業導師構成，對研究生進行跨學科聯合指導。以強化產學聯合培養，培養提升職業能力為導向，實施以創新項目為核心的專業型研究生考核、監督和評價體系。培養過程中充分發揮中心協同企業在培養標準制定、實踐教學改革等方面的指導作用。中心側重行業案例教學，改革教學內容和授課方式；中心依托協同企業科研合作項目指導研究生選題及研究，并指派學生到中心協同企業的實踐基地進行一年的實踐能力訓練、加強基于技術創新的實踐能力培養。